A banda foi formada em 1981 por Alain Jourgensen, filho de refugiados cubanos. Musicalmente falando o Ministry começou synth pop, sendo um pioneiro do estilo nos EUA, após lançar alguns compactos pelo selo Wax Trax!, a banda assina com uma gravadora grande - a Arista Records, e lança With Sympathy, apesar de musicalmente competente, o álbum não teve êxito comercial  eJourgensen disse, numa entrevista à Kerrang!: “o álbum nem vale ser roubado" e que tinha sido gravado sob pressão da gravadora.

No ano seguinte o Ministry embarca numa turnê européia ao lado do Front 242; é aí que o som do grupo começa a ficar mais pesado. Em 1984 Jourgensen ouve "People Are People" do Depeche Mode, esse compacto tinha sido produzido por Adrian Sherwood, originalmente um produtor de Dub que começara a produzir bandas de Música industrial, "People Are People" era pop, mais toda sua instrumentação era feita de found-sounds: tubos, ferramentas, etc, com Sherwood a bordo, a "banda-de-um-homem-só" lança Twitch, um álbum mais denso de que o seus primeiros lançamentos, já contando com vários samplers. Durante a turnê do disco Jourgensen conhece Paul Barker, baixista do The Blackouts, e a partir daí forjam uma parceria. Em 1987 Jourgensen têm uma epifania musical quando volta tocar guitarra; "Ninguém nunca tinha tocado Thrash metal com uma bateria eletrônica" disse, anos depois.

Em 1988, com a entrada de William Rieflin, a banda grava o influente The Land of Rape and Honey - esse disco, quase dez anos depois, alcança o status de disco de ouro nos EUA.

The Mind Is A Terrible Thing to Taste segue um ano depois, ainda mais "metálico" que o disco anterior, Ele foi o segundo disco de ouro do Ministry, um feito, sem dúvida, para uma música tão cáustica e agressiva.

Após o lançamento do álbum mais bem sucedido de suas carreiras - Psalm 69 - e alguns fracassos (Filth Pig, The Dark Side of the Spoon, etc), Paul Baker sai da banda.

A banda ainda continua na ativa e segue em frente com grandes turnês e shows explosivos.